#acl LcnGroup:read,write,delete,revert All:read

== FreeSurfer Tutorial: Process Flow ==
This table shows the recon-all steps for the latest '''stable''' version of FreeSurfer, '''v4.0.2'''. See ReconAllDevTable for the dev version of FreeSurfer.

Click [[ReconAllBlockDiagram|here]] to see this information presented in a block diagram format and [[ReconAllFilesVsSteps|here for a process v. files table]].

See also the OtherUsefulFlags for other recon-all options.

||<rowbgcolor='#80FF80'>'''recon-all step'''||'''Individual Flag'''||'''Input'''||'''Command Line'''||'''Output'''||
||<|16(bgcolor='#FFFFE0'>'''[[recon-all]] -autorecon1 -subjid <subjid>'''||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-i <invol1> -i <invol2>||<bgcolor='#E0E0FF'>invol1.dcm||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_convert]] invol1.dcm orig/001.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>orig/001.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'>invol2.dcm||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_convert]] invol2.dcm orig/002.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>orig/002.mgz||
||<|4(bgcolor='#FFFFE0'>-motioncor||<bgcolor='#E0E0FF'>orig/001.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_motion_correct.fsl]] -o rawavg.mgz -wild orig/001.mgz orig/002.mgz ||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>rawavg.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>orig/002.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>rawavg.mgz||[[mri_convert]] rawavg.mgz orig.mgz --conform||orig.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>orig.mgz||[[mri_add_xform_to_header]] -c transforms/talairach.xfm orig.mgz orig.mgz||orig.mgz||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-nuintensitycor||<bgcolor='#E0E0FF'>orig.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_nu_correct.mni]] --i orig.mgz --o nu.mgz --n 2||<bgcolor='#E0E0FF'>nu.mgz||
||<|4(bgcolor='#FFFFE0'>-talairach||<bgcolor='#E0E0FF'>nu.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[talairach_avi]] --i nu.mgz --xfm transforms/talairach.auto.xfm||<bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.auto.xfm||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.auto.xfm||cp transforms/talairach.auto.xfm transforms/talairach.xfm||<bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.xfm||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.xfm||<bgcolor='#E0E0FF'>[[talairach_afd]] -T 0.005 -xfm transforms/talairach.xfm||<bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.xfm||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>||awk -f $FREESURFER_HOME/bin/extract_talairach_avi_QA.awk transforms/talairach_avi.log||<bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach_avi.log||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-normalization||<bgcolor='#E0E0FF'>nu.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_normalize]] -g 1 nu.mgz T1.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>T1.mgz||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-skullstrip||<bgcolor='#E0E0FF'>nu.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_em_register]] -skull nu.mgz $FREESURFER_HOME/average/RB_all_withskull_2007-08-08.gca transforms/talairach_with_skull.lta||<bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach_with_skull.lta||
||<bgcolor='#E0E0FF'>T1.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_watershed]] -T1 -brain_atlas $FREESURFER_HOME/average/RB_all_withskull_2007-08-08.gca transforms/talairach_with_skull.lta T1.mgz brainmask.auto.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>brainmask.auto.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>brainmask.auto.mgz||cp brainmask.auto.mgz brainmask.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>brainmask.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||
||<|73(bgcolor='#FFFFE0'>'''[[recon-all]] -autorecon2 -subjid <subjid>'''||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-gcareg||<bgcolor='#E0E0FF'>brainmask.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_em_register]] -mask brainmask.mgz nu.mgz $FREESURFER_HOME/average/RB_all_2007-08-08.gca transforms/talairach.lta||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.lta||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>nu.mgz||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-canorm||<bgcolor='#E0E0FF'>brainmask.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_ca_normalize]] -mask brainmask.mgz nu.mgz $FREESURFER_HOME/average/RB_all_2007-08-08.gca transforms/talairach.lta norm.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>norm.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>nu.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.lta||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-careg||<bgcolor='#E0E0FF'>brainmask.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_ca_register]] -align-after -nobigventricles -mask brainmask.mgz -T transforms/talairach.lta norm.mgz $FREESURFER_HOME/average/RB_all_2007-08-08.gca transforms/talairach.m3z||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.m3z||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.lta||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>norm.mgz||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-careginv||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.m3z||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_ca_register]] -invert-and-save transforms/talairach.m3z||<bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.m3z.inv.x.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.m3z.inv.y.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.m3z.inv.z.mgz||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-rmneck||<bgcolor='#E0E0FF'>nu.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_remove_neck]] -radius 25 nu.mgz transforms/talairach.m3z $FREESURFER_HOME/average/RB_all_2007-08-08.gca nu_noneck.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>nu_noneck.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.m3z||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-skull-lta||<bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.lta||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_em_register]] -skull -t transforms/talairach.lta nu_noneck.mgz $FREESURFER_HOME/average/RB_all_withskull_2007-08-08.gca transforms/talairach_with_skull.lta||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach_with_skull.lta||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>nu_noneck.mgz||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-calabel||<bgcolor='#E0E0FF'>norm.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_ca_label]] -align -nobigventricles norm.mgz transforms/talairach.m3z $FREESURFER_HOME/average/RB_all_2007-08-08.gca aseg.auto.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>aseg.auto.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.m3z||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>aseg.auto.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>cp aseg.auto.mgz aseg.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-ccseg||<bgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||<|1(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_cc]] -aseg aseg.auto.mgz -o aseg.auto_CCseg.mgz <subjid>||<bgcolor='#E0E0FF'>aseg.auto_CCseg.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>aseg.auto_CCseg.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>cp aseg.auto_CCseg.mgz aseg.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-normalization2||<bgcolor='#E0E0FF'>brainmask.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_normalize]] -aseg aseg.mgz -mask brainmask.mgz norm.mgz brain.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>brain.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>norm.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-maskbfs||<bgcolor='#E0E0FF'>brain.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_mask]] -T 5 brain.mgz brainmask.mgz brain.finalsurfs.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>brain.finalsurfs.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>brainmask.mgz||
||<|6(bgcolor='#FFFFE0'>-segmentation||<bgcolor='#E0E0FF'>brain.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_segment]] brain.mgz wm.seg.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>wm.seg.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'>wm.seg.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_edit_wm_with_aseg]] wm.seg.mgz brain.mgz aseg.mgz wm.asegedit.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>wm.asegedit.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>brain.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'>wm.asegedit.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_pretess]] wm.asegedit.mgz wm norm.mgz wm.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>wm.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>norm.mgz||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-fill||<bgcolor='#E0E0FF'>wm.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_fill]] -a ../scripts/ponscc.cut.log -xform transforms/talairach.lta -segmentation aseg.auto.mgz wm.mgz filled.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>filled.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>../scripts/ponscc.cut.log||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>transforms/talairach.lta||
||<|8((bgcolor='#FFFFE0'>-tessellate||<bgcolor='#E0E0FF'>filled.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_pretess]] filled.mgz 255 norm.mgz filled-pretess255.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>filled-pretess255.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'>norm.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'>filled-pretess255.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_tessellate]] filled-pretess255.mgz 255 lh.orig.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>lh.orig.nofix||
||<bgcolor='#E0E0FF'>filled.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_pretess]] filled.mgz 127 norm.mgz filled-pretess127.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>filled-pretess127.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'>norm.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'>filled-pretess127.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_tessellate]] filled-pretess127.mgz 127 rh.orig.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>rh.orig.nofix||
||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_extract_main_component]] ?h.orig.nofix ?h.orig.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig.nofix||
||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>rm -f filled-pretess255.mgz filled-pretess127.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-smooth1||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_smooth]] -nw ?h.orig.nofix ?h.smoothwm.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.smoothwm.nofix||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-inflate1||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.smoothwm.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_inflate]] -no-save-sulc ?h.smoothwm.nofix ?h.inflated.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated.nofix||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-qsphere||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_sphere]] -q ?h.inflated.nofix ?h.qsphere.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.qsphere.nofix||
||<|6(bgcolor='#FFFFE0'>-fix||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>cp ?h.orig.nofix ?h.orig||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig||
||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>cp ?h.inflated.nofix ?h.inflated||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated||
||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.qsphere.nofix||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_fix_topology]] -mgz -sphere qsphere.nofix -ga <subjid> ?h||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig||
||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_euler_number]] ?h.orig||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig||
||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_remove_intersection]] ?h.orig ?h.orig||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.orig||
||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>rm ?h.inflated||<bgcolor='#E0E0FF'>||
||<|7(bgcolor='#FFFFE0'>-finalsurfs||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>brain.finalsurfs.mgz||<|7(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_make_surfaces]] -noaparc -mgz -T1 brain.finalsurfs <subjid> ?h||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.white||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.pial||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.thickness||
||<|4(rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.orig||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.curv||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.area||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.cortex.label||
||<|5(bgcolor='#FFFFE0'>-surfvolume||<|1(bgcolor='#E0E0FF'>?h.area||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_calc]] -o ?h.area.mid ?h.area add  ?h.area.pial||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>?h.area.mid||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.area.pial||
||<|1(bgcolor='#E0E0FF'>?h.area.mid||<|1(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_calc]] -o ?h.area.mid ?h.area.mid div 2||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.area.mid||
||<|1(bgcolor='#E0E0FF'>?h.area.mid||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_calc]] -o ?h.volume ?h.area.mid mul lh.thickness||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>?h.volume||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.volume||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-smooth2||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.white||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_smooth]] -n 3 -nw ?h.white ?h.smoothwm||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.smoothwm||
||<|4(bgcolor='#FFFFE0'>-inflate2||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>?h.smoothwm||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_inflate]] ?h.smoothwm ?h.inflated||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated||
||<(rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.sulc||
||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_curvature]] -thresh .999 -n -a 5 -w -distances 10 10 ?h.inflated||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated.H||
||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated.K||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-segstats||<bgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_segstats]] --seg mri/aseg.mgz --sum stats/aseg.stats --pv mri/norm.mgz --excludeid 0 --brain-vol-from-seg --brainmask mri/brainmask.mgz --in mri/norm.mgz --in-intensity-name norm --in-intensity-units MR --etiv --surf-wm-vol --ctab $FREESURFER_HOME/ASegStatsLUT.txt --subject <subjid>||<bgcolor='#E0E0FF'>stats/aseg.stats||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-cortribbon||<bgcolor='#E0E0FF'>orig.mgz||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_volmask]] --label_left_white 2 --label_left_ribbon 3 --label_right_white 41 --label_right_ribbon 42 --save_ribbon --save_distance <subjid>||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>?h.ribbon.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.white||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.pial||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||<bgcolor='#E0E0FF'>||
||<|21(bgcolor='#FFFFE0'>'''[[recon-all]] -autorecon3 -subjid <subjid>'''||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-sphere||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.inflated||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_sphere]] ?h.inflated ?h.sphere||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.sphere||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-surfreg||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.sphere||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_register]] -curv ?h.sphere $FREESURFER_HOME/average/?h.average.curvature.filled.buckner40.tif ?h.sphere.reg||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.sphere.reg||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-jacobian_white||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.white||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_jacobian]] ?h.white ?h.sphere.reg ?h.jacobian_white||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>?h.jacobian_white||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.sphere.reg||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-avgcurv||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.sphere.reg||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mrisp_paint]] -a 5 $FREESURFER_HOME/average/?h.average.curvature.filled.buckner40.tif#6 ?h.sphere.reg ?h.avg_curv||<bgcolor='#E0E0FF'>?h.avg_curv||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-cortparc||<bgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_ca_label]] -aseg mri/aseg.mgz <subjid> ?h ?h.sphere.reg $FREESURFER_HOME/average/?h.curvature.buckner40.filled.desikan_killiany.2007-06-20gcs ?h.aparc.annot||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>label/?h.aparc.annot||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.sphere.reg||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-parcstats||<bgcolor='#E0E0FF'>label/?h.aparc.annot||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_anatomical_stats]] -mgz -f stats/?h.aparc.stats -b -a label/?h.aparc.annot -c label/aparc.annot.ctab <subjid> ?h||<bgcolor='#E0E0FF'>stats/?h.aparc.stats label/aparc.annot.ctab||
||<|2(bgcolor='#FFFFE0'>-cortparc2||<bgcolor='#E0E0FF'>aseg.mgz||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_ca_label]] -aseg aseg.mgz <subjid> ?h ?h.sphere.reg $FREESURFER_HOME/average/?h.atlas2005_simple.gcs label/?h.aparc.a2005s.annot||<|2(bgcolor='#E0E0FF'>label/?h.aparc.a2005s.annot||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.sphere.reg||
||<bgcolor='#FFFFE0'>-parcstats2||<bgcolor='#E0E0FF'>label/?h.aparc.a2005s.annot||<bgcolor='#E0E0FF'>[[mris_anatomical_stats]] -mgz -f stats/?h.aparc.a2005s.stats -b -a label/?h.aparc.a2005s.annot -c label/aparc.annot.a2005s.ctab <subjid> ?h||<bgcolor='#E0E0FF'>stats/?h.aparc.a2005s.stats stats/aparc.annot.a2005s.ctab||
||<|6(bgcolor='#FFFFE0'>-aparc2aseg||<bgcolor='#E0E0FF'> aseg.mgz ||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_aparc2aseg]] --s <subjid> --ribbon||<|3(bgcolor='#E0E0FF'> aparc+aseg.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.ribbon.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>label/?h.aparc.annot||
||<bgcolor='#E0E0FF'> aseg.mgz ||<|3(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_aparc2aseg]] --s <subjid> --ribbon --a2005s||<|3(bgcolor='#E0E0FF'> aparc.a2005s+aseg.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>?h.ribbon.mgz||
||<rowbgcolor='#E0E0FF'>label/?h.aparc.a2005s.annot||
||<|3(bgcolor='#FFFFE0'>-wmparc||<bgcolor='#E0E0FF'> aparc+aseg.mgz ||<|1(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_aparc2aseg]] --s <subjid> --labelwm --hypo-as-wm --rip-unknown --ribbon --o mri/wmparc.mgz --ctxseg aparc+aseg.mgz||<|1(bgcolor='#E0E0FF'> wmparc.mgz||
||<bgcolor='#E0E0FF'> wmparc.mgz ||<|1(bgcolor='#E0E0FF'>[[mri_segstats]] --seg mri/wmparc.mgz --sum stats/wmparc.stats --pv mri/norm.mgz --excludeid 0 --brain-vol-from-seg --brainmask mri/brainmask.mgz --in mri/norm.mgz --in-intensity-name norm --in-intensity-units MR --etiv --subject <subjid> --surf-wm-vol --ctab $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt||<|1(bgcolor='#E0E0FF'> stats/wmparc.stats||